エンジンは当時最新鋭のゼネラル・エレクトリック J79とされた。F-104Aにも採用されたJ79-GE-3A型エンジンはアフターバーナー時の推力が6,715kgと当時としては群を抜く推力を発揮し、これを二基搭載することは充分な搭載力や機動性という恩恵をもたらした。
開発中、地上でのアイドリング状態からアフターバーナー点火時のマッハ2.2まで、同一のエアインテーク形状では対応できないという問題が判明している[5]。
この問題はエアインテーク周辺に発生する衝撃波が空気吸入を妨げることが原因と判明しており、その対策としてエアインテーク直前の2枚の板 (ランプ) を油圧によって角度を変えて衝撃波面をコントロールして空気流を確保する「可変ランプ」を採用することとなった。空気取り入れ口前方の固定ランプと胴体の間の50mm程の隙間が胴体表面の境界層の吸入を防いでいる。また、初期のテストで判明した問題への対策として、ランプ先端で発生した衝撃波の後方で急速に発生する境界層をエンジン抽気を利用して吸い取るために可変ランプに各12,500個の小穴を空けてある。
ランプやショックコーン、あるいは断面積可変式の二次元型エアインテークにより吸気を調整するのはマッハ2クラスの航空機には必須事項であるが、現在の戦闘機ではマッハ2以上の最高速度は実用上は不要なものとする運用思想の変化を反映してエアインテークの調整機構は省かれる傾向にある。
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